Hanneke Nijs studeerde orthopedagogiek aan de Universiteit Leiden en fagot aan het Koninklijk Conservatorium in Den Haag. Ze behaalde haar bachelordiploma bij Johan Steinmann en studeerde met onderscheiding af voor haar master bij Dorian Cooke. Ze speelde in het Nationaal Jeugd Orkest en remplaceerde in verschillende orkesten, waaronder het Residentie Orkest, het Rotterdams Philharmonisch Orkest en het Koninklijk Concertgebouw Orkest. Sinds kort is ze eerste fagottiste bij het Orkest van het Oosten.
Hanneke speelt ook regelmatig kamermuziek in verschillende bezettingen, onder andere als remplaçant bij het Nederlands Blazers Ensemble en het Valerius Ensemble. Als docent is ze, naast Academia Musica, werkzaam bij Kaliber Kunstenschool in Enschede.