Toon Hagen begon zijn orgelopleiding bij Egbert Klein. Vervolgens studeerde hij hoofdvak Orgel aan het Koninklijk Conservatorium te Den Haag. Daar studeerde hij tevens Kerkmuziek. Aan het Arnhems conservatorium behaalde hij de aantekening improvisatie. Zijn belangrijkste docenten waren Rienk Jiskoot voor orgel en Bert Matter voor improvisatie.
Toon Hagen is mede-oprichter van het Zwolse orkest Musica Michaelis, een orkest van professionele musici dat in 2008 ontstaan is uit de cantatevieringen. Als cantor-organist is hij verbonden aan de Grote of Sint-Michaëlskerk te Zwolle. Hij geeft leiding aan de Michaëlscantorij.
Daarnaast is hij per 1 december 2019 ook als organist verbonden aan de Grote Kerk te Apeldoorn.
Toon Hagen is actief als concert-organist, heeft een privé-orgellespraktijk en is werkzaam als componist van orgel- en kerkmuziek.  Zijn orgelspel is inmiddels op een zevental cd’s vastgelegd.